传说在四千六百多年以前的上古时期，黄帝的部落（以黄河流域为主）跟蚩尤的部落大战于涿鹿之野，双方打了一年多，不分胜负。黄帝苦闷填心，忧心如焚。一天夜里，忽然梦到了九天玄女娘娘。九天玄女娘娘对他说：你要战胜蚩尤，必须找到九星运转时倒映于地上的奇点和吉门。用背孤击虚之法，可大获全胜。

九天玄女娘娘在教给他一些秘诀后，便飘然离去。黄帝醒来，马上将这些秘诀整理成书，就是《奇门遁甲》，又选了一个吉日良辰，修了一个很大的高台，于台上致祭，正式启用“奇门遁甲”。祭祀完后，黄帝就用“奇门遁甲”之方法，对蚩尤进行全面反攻。交战中蚩尤作法兴起了漫天大雾，企图利用大雾的帮助来消灭黄帝。而黄帝在“奇门遁甲”的指导下，马上辨清了方向，又用背孤击虚之法，从生门打向死门一举战胜蚩尤。

此后黄帝把“奇门遁甲”视为至宝，为了长久保存，便命风后把它刻到甲骨上。这风后也是知天文，晓地理，通算术，明阴阳的行家。他在太极生两仪，两仪生四象（春、夏、秋、冬）的启发下，将黄帝的一时一局改为了四时一局。他用四个时辰来象征一年中的四个季节，把四千三百二十局，删成了一千零八十局。一千零八十局中，又分为阳遁五百四十局和阴遁五百四十局。这就是“奇门遁甲”历史上的第一次改革。

《封神演义》中记载，武吉为姜子牙的弟子，后追随子牙为周朝建立做出了一定贡献。当初武吉本是樵夫。姜子牙钓于磻溪。二人相遇认识了在渭水旁钓鱼的姜尚（子牙）。见子牙用直钩钓鱼大笑。子牙看武吉气息断曰：今日入城打死人。武吉怒别。担柴入城。误触王相致死。文王画地为牢。武吉后被暂释。照顾老母至秋后正法。老母令其找姜子牙求救。太公收其为徒。授兵法。又令其挖坑施咒破解先天数。秋后不见武吉伏刑。文王演先天数。以为武吉已畏罪自杀。后文王碰见武吉。武吉引文王见姜太公。受封武德将军。师徒二人后为文王效力，讨伐纣王。

在这里详细介绍一下子牙是如何帮助武吉逃生活命的：子牙运用《奇门遁甲》之术，让武吉回家后床前挖一个四尺深的大坑，睡在里面，然后在头前和脚前各点一盏灯，再在身上撒些乱草和大米。三更天，子牙披发仗剑，踏罡布斗，掐决结印作法。之后因人来报文王，武吉一直未归，然后文王拿三个铜钱起卦，卦象显示，武吉已经畏罪跳崖自尽，尸体在杂草中都生了蛆虫。至此，姜尚大功告成。

那么，姜尚究竟是如何躲过文王的后天八卦的推算呢？很简单，武吉置身坑中，意同深渊和坟墓，乱草和大米意同杂草和生蛆，说明此人必死无疑了。事实上，文王的后天八卦的确没有算错，只不过是姜尚人为干预所致。可见奇门遁甲之术真正蕴含了强大的能量。

到了秦朝末年，一个叫张良的青年人，有一次经过下邳的圯上，遇一老者坐于其上，而鞋子却掉到桥下去了，老者很不礼貌的对张良说：“小子，快给我把鞋子捡起来！”张良待要发怒，见是一老者，只得把怒气忍了下去，怏怏地走到桥下帮老人捡起了鞋。老者又傲慢地对他说：“穿上！”张良再一次强忍着不平之气为其穿上。老者起身扬长而去，但去不数步，却又折转身来对张良说：“后五日平明在此等我。”

五日后的平明张良赶到约会地点，老者已先到了。老者见张良晚于他，非常生气地说：“与老人约会，为什么滞后？五日后再会。”五日后鸡尚未鸣，张良便来到了约会地点，可老者又先到了。老者再次生气地说：“这一次又晚于我，为什么？后五日再会！”这次还没到半夜，张良就赶到了约会地点。老者也随之赶到，并从怀中取出一本书来送给张良说：“读了此书，可以作帝王之师；可以帮助有帝王气慨的人建立新的朝代……”这本书就是“奇门遁甲”。

张良凭着自己的刻苦精神和聪明才智，很快就把“奇门遁甲”的原理弄通了。他感到“奇门遁甲”局数虽多，却跳不出洛书九宫之数，因此也对“奇门遁甲”进行了一次删改。他把姜子牙的七十二局减到了十八局，在十八局中再分阴九局和阳九局，使“奇门遁甲”的布局更为精当，这就是“奇门遁甲”历史上的第三次改革。张良后来在帮助汉高祖刘邦推翻秦朝、平定诸候、战胜项羽的过程中，最常用的就是天遁、地遁和三奇并进之方法。

三国时，曹操率百万大军攻打东吴，双方战舰分列于长江两岸。东吴大将军周瑜想用“火”来攻克对方，而用火攻就必须要有东南风，隆冬之时，又哪里有东南风呢？因此周瑜忧虑成疾一病不起。诸葛亮前来探病，对周瑜说：“亮虽不才，曾遇异人，传授奇门遁甲天书，可以呼风唤雨。都督若要东南风时，可于南屏山建一台，名曰七星坛……。”

周瑜听完随即病好，火速于南屏山上建起一台。此台高九尺，作三层。诸葛亮用一百二十名士兵守护，于台上按二十八宿的方位属性树起青、红、白、黑二十八面旌旗，又布以八门、八卦、九星，然后踏罡步斗，仗剑念咒，趋使六丁六甲，终于帮周瑜借来了东南大风，使其顺利的战胜了曹操的百万雄兵……。诸葛亮一生贯用“奇门遁甲”，到死之时还想用“奇门遁甲”借寿，不料被魏延撞翻了七星灯而未成。