结构模式是基于古天文观天左旋而地右旋和太一下行九宫的模式而建立起来的，空间的数理分布便是洛书九宫，整个奇门遁甲的排局布式是融天文、律历、八卦、太极、洛书为一体的整体结构，从而体现了天地万物蕴藏的阴阳五行普遍原理及相互间的联系与影响。
奇门结构模式是基于古天文观天左旋而地右旋和太一（又名太乙，以下同）下行九宫的模式而建立起来的，阴阳局中逆布六仪顺布三奇与顺布六仪逆布三奇，就是遵循着天地相对运行的规律和太乙下行九宫的自然模式。六仪代表天和地的背景格局，三奇代表日、月、星，即太阳、月亮和金、木、水、火、土五大行星。从古天文观来看，天地运行有逆顺，人居天地间，下观地动为顺（顺天而行），上观天动为逆，即与地动方向相反，反过来，从太空观察地球，则天动为顺，而地动为逆，这便是阴阳局奇仪顺逆的天文背景。
在奇门遁甲中“九星”是指《黄帝内经•素问》中“九星悬朗”的九星。清江慎修著《河洛精蕴》中云：“北斗七星，一枢、二机、三璇、四权为魁、五衡、六开阳、七摇光为杓，开阳、摇光之旁有小星，左为辅、右为弼，合为九星。”奇门遁甲中又将九星命名为天蓬、天芮、天冲、天辅、天禽、天心、天柱、天任、天英，并与地之九宫相对应。《南齐书•高帝纪》中说：“九宫者，一为天蓬，以制冀州之野；二为天芮，以制荆州之野；三为天冲，其应在青；四为天辅，其应在徐；五为天禽，其应在豫；六为天心，七为天柱，八为天任，九为天英，其应在雍、在梁、在扬、在兖。”
先哲在观测天象时发现，北斗七星（九星）绕北极星顺时针左旋一周为一年。古人以北极星为体，北斗为用，以北斗为北极帝星所乘之车，北斗绕北极而旋转，就是北极帝星乘车临御八方之象，谓：“太乙下行九宫”。根据太乙游宫斗柄旋指的八宫方位，便能推知四时、八节及二十四节气的节令转移和气象变化。《灵枢•九宫八风篇》中云：“是故太乙入徙，立于中宫，乃朝八风，以占吉凶也。”《易纬•乾凿度》中又说“易一阴一阳合为十五之谓道。阳变七之九，阴变八之六，亦合于十五，则彖变之数若一。阳动而进，变七之九，象其气之息也。阴动而退，变八之六，象其气消也。故太乙取其数以行九宫，四维四正皆合于十五。”郑玄注：“太乙者，北辰之神名也。居其所曰太乙出入所游，息于紫宫之内外，其星因以为名焉。四正四维，以八卦神所居，故亦名之曰宫。太乙下行八卦之宫，每回还于中央，中央者，北辰之所居，故因谓之九宫，故因谓之九宫。天数大分以阳出，以阴入，阳起于子，阴起于午，是以太乙下九宫，从坎宫始，坎中男，是以言无始也；自此而从于坤宫，坤母也；又自此而震宫，震长男也；又自此而巽宫，巽，长女也；所行者半矣，还息于中央之宫；即又此而从于乾宫，乾，父也；自此而从于兑宫，兑，少女也；又自此而从于艮宫，艮，少男也；又自此而从于离宫，离，中女也；行则周矣，上游息于太乙天一之宫。”由此可见太乙（天一）运行与地之九宫的对应关系。
《灵枢•九宫八风篇》中云：“太乙常以冬至之日，居叶蛰之宫四十六日，明日居天留四十六日，明日居仓门四十六日，明日居阴洛四十五日明日居上天（又叫天宫）四十六日，明日居玄委四十六日，明日居仓果四十六日，明日居新洛四十五日，明日复居叶蛰之宫，曰冬至矣。”据此可以推出，太乙下行九宫与地球方位季节的对应关系为：从冬至日开始，北斗七星的斗柄正好对着北方坎位的叶蛰宫，而地上正值冬至、小寒、大寒三个节气，为期四十六日；然后依次是：东北艮位的天留宫，值立春、雨水、惊蛰，为期四十六日；东方震位的仓门宫，值春风、清明、谷雨，为期四十六日；东南方巽位的阴洛宫，值立夏、小满、芒种，为期四十五日；南方离位的上天宫即中宫（中宫是虚位），值夏至、小暑、大暑，为期四十六日；西南方位的玄委宫，值立秋、处暑、白露，为期四十六日；西方兑位的仓果宫，值秋风、寒露、霜降，为期四十六日；西北乾位的新洛宫，值立冬、小雪、大雪，为期四十五日；最后回到叶蛰宫，周而复始。
《灵枢•九宫八风篇》还说：“太乙日游，以冬至之日居叶蛰之宫，。数所在日，从一处，至九日，复返于一。常无是无已，终而复始。太乙移日，天必应之以风雨，以其日风雨则吉，岁美民安少病矣。先之则多雨，后之则多旱。”由此可见太乙除每四十六日或四十五日居八宫之一外，还有每天游一宫之说，且与自然界的气候变化有着对应关系。由“从一处，至九日，复返于一”可知，太乙日游必合洛书九宫之飞宫法，当第一日在叶蛰坎一宫，第二日则飞行到玄委坤二宫宫，第三日则飞行到仓门震三宫，第四日则飞行到阴洛巽四宫，第五日则飞行到中央招摇宫，第六日则飞行到新洛乾六宫，第七日则飞行到仓果兑七宫，第八日则飞行到天留艮八宫，第九日则飞行到上天离九宫，然后回归叶蛰坎一宫。往复三次可知太乙在第二十八日、三十七日、四十六日都居叶蛰宫。这样就会推出太乙“明日居天留宫四十六日”之说。然后顺行至仓门、阴洛、上天、玄委、仓果、新洛等宫。从太乙在八宫分布的日数可知，阴洛巽宫与新洛乾宫只有四十五日，这样运行一周的日数为366日正应一岁之日数。因阴洛、新洛夏至、冬至二节之前，古人为了对历法的周年日数作出综合调整，所以在二至日之前除去一日以作平衡。由上述推论可知太乙游行八宫时，虚其中宫，但太乙日游时，在每一节令都飞行九宫，而对应“太乙入徙，立于中宫，乃朝八风”之说，因此才能“以占吉凶也” 。这一飞行路线便是奇门遁甲飞宫之法的根源所在。
田合禄先生在《周易与日月崇拜》一书中说“……为什么阴洛宫和新洛宫只停留45天呢？这是因为古人用立杆测影的方法，以冬至、夏至为校对时间的标准，如《乾凿度》郑玄注所说‘阳起于子，阴起于午的缘故。在冬至日中日影最长时测日影，到夏至日中日影最短时为上半年的时间段，如果阴洛宫还用46天，就要超过夏至日中的时间，即超过半年183天的时间，故校正只用45天。同理新洛宫也只用45天。这跟刘尧汉发掘出的彝族十月太阳历在冬至、夏至过大小年是一个道理。说明这两种历法的应用年代是比较早的。这同是奇门遁甲术中阳遁和阴遁所分的时间段的分法。由此可知，奇门遁甲术是根源于《九宫八分篇》的理论的。”
同时奇门历法运用干支六十甲子历，结合太乙日游九宫之法，按节气日游，《素问•六节藏象论》中说：“天以六六为节，地以九九制会；天有十日，日六竟而周甲，甲六复而终岁，三百六十日法也。……五日谓之候，三候谓之气，六气谓之时，四时谓之岁，而各从其主治矣。”六六为节者，一年365.25日，进位则为366日，合九宫八卦历一年周期；九九制会者，洛书九宫也。当奇门局为阳遁时，如甲子在坎一宫，乙丑则顺飞行到坤二宫，依次为丙寅震三宫，丁卯巽四宫，戊辰中五宫，己巳乾六宫，庚午兑七宫，辛未艮八宫，壬申离九宫，癸酉又回至坎一宫；而后甲戌又飞行到坤二宫，……如此顺飞九宫，则甲申到震三宫，……甲午到巽四宫，……甲辰到中五宫，……甲寅到乾六宫，……最后癸亥落乾宫。六十甲子周矣。如此第二轮甲子将从兑七宫开始，依次行宫……癸亥落震三宫。第三轮甲子将从巽四宫开始，……癸亥落离九宫，完成了三个甲子周期。然后甲子又到坎宫，为一七四宫甲子周期规律。当甲子在坤二宫时，当完成三个甲子周期，为二八五宫甲子周期规律；当甲子在震三宫时，当完成三个甲子周期，为三九六宫甲子周期规律；最终可得出一七四、二八五、三九六、四一七、五二八、六三九、七四一、八五二、九六三宫等甲子周期规律，正与奇门阳遁三元之说相合。当奇门局为阴遁时，如甲子在离九宫，乙丑则逆飞行到艮八宫，依次为丙寅兑七宫，丁卯乾六宫，戊辰中五宫，己巳巽四宫，庚午震三宫，辛未坤二宫，壬申坎一宫，癸酉又回至离九宫；而后甲戌又飞行到艮八宫，……如此顺飞九宫，则甲申到兑七宫，……甲午到乾六宫，……甲辰到中五宫，……甲寅到巽四宫，……最后癸亥落巽宫。六十甲子周矣。如此第二轮甲子将从震三宫开始，依次行宫……癸亥落兑七宫。第三轮甲子将从乾六宫开始，……癸亥落坎一宫，完成了三个甲子周期。然后甲子又到离宫，为九三六宫甲子周期规律。当甲子在艮八宫时，当完成三个甲子周期，为八二五宫甲子周期规律；当甲子在兑七宫时，当完成三个甲子周期，为七一四宫甲子周期规律；最终可得出九三六、八二五、七一四、六九三、五八二、四七一、三六九、二五八宫等甲子周期规律，正与奇门阴遁三元之说相合。在古籍《奇门五总龟》中的三元歌道：
冬至小寒及大寒，天地人元一二三。
立春雨水并惊蛰，依艮顺增八九一。
春风清明并谷雨，但起震宫三四五。
立夏小满芒种气，四五六兮依此列。
夏至小暑及大暑，九八七兮还退数。
立秋暑处并白露，从二却行于一九。
秋风寒露及霜降，七六五兮依此向。
立冬小雪及大雪，六五四兮依此诀。
以上歌诀中，运用阴阳局阳顺阴逆之法运行九宫，可得出三元甲子周期之数。并按照《易纬•乾凿度》中所说的太乙下行九宫“阳起于子，阴起于午”的法则，且与二十四节气相为表里。如冬至开始“阳起于子” ，子属坎一宫，为阳遁一局，其上、中、下三元为一七四周期之数；小寒上元进至坤二宫，为阳遁二局，其上、中、下三元为二八五周期之数；大寒上元再进至震三宫，为阳遁三局，其上、中、下三元为三九六周期之数；由此可知“冬至小寒及大寒，天地人元一二三”之奥妙，一卦统三节，“一二三”者，冬至、小寒、大寒三节上元之数，阳气递次顺进之时也。夏至开始“阴起于午” ，午属离九宫，为阴遁九局，逆行之气始，其上、中、下三元为九三六周期之数；小暑上元退至艮八宫，为阴遁八局，其上、中、下三元为八二五周期之数；大暑上元再退至兑七宫，为阴遁七局，其上、中、下三元为七一四周期之数；由此可知“夏至小暑及大暑，九八七兮还退数”之奥妙，一卦统三节，“九八七”者，夏至、小暑、大暑三节上元之数，阳气减而阴气增，为逆行之气，故有“还退数”之说。其上、中、下三元组合为逆行周期之数。知此六节，其它各节之气数则通矣。
奇门在二十四节气的基础上，将每一个节气分为上、中、下三元，每一元五日，三元十五日为一气，一年共七十二元，实与古天文七十二侯相对应。由于“元”与标志四时座标的二十四节气相联系，每一节气的某元，就决定了所用活盘的阴阳与序数。每个节气上、中、下三元便有三局，根据具体时间（日辰所属的节气和干支）就确定了用某盘活局，这样就建立了时间与空间的具体联系。确定用某局活盘的依据是当日的干支和所属的那个节气。使用活盘时，盘上的干支就代表当日的具体时辰。在根据日辰所确定的活盘上，时间与空间的联系是静态的，如冬至上元阳遁一局活盘，甲子戊在正北坎一宫，甲戌已在西南坤二宫，甲申庚在正东震三宫等等。但如果将具体时辰输入活盘，除地盘之外的其他三层就一起运动变化，从而形成新的格局。一个时辰有一个总的格局，与时间相联系的活盘局数，同时也与空间密切联系着，这个空间的数理分布便是洛书九宫，在九宫基础上确立具体的活盘局数。由此可见，奇门遁甲的天盘是围绕地盘而运行变化的，地盘结构的基础是八卦九宫。这就表明，整个奇门遁甲的排局布式是融天文、律历、八卦、太极、洛书为一体的整体结构，从而体现了天地万物蕴藏的阴阳五行普遍原理及相互间的联系与影响。
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